Darf ich kurz Scherzen: In allen Meditationssitzungen wird ja vorher gewarnt, dass wenn man die Schmerzen in den Beinen zu lange ignoriert, dass dann die Beine abfallen! Die Zeitungen sind auch voll von diesen Berichten, dass schon wieder im Zentrum xy bei der Person Z ein bis zwei Beine einfach so abgefallen sind. 
Meditation ist für den Körper wirklich gefährlich und davon wird abgeraten. Übrigends, die wahren Meditationsmeister erkennt man ja daran dass ihnen die Beine fehlen...
OK, da wird diese Berichte aber in der Wirklichkeit nicht kennen, wird dem wohl nicht so sein. Das einzige was vielleicht wirklich passieren kann, ist, dass einem die Beine einschlafen, und wenn man dann unvorsichtig aufsteht, dass man dann hinfallen kann. Ansonsten kann ich mir nichts schlimmes vorstellen. Aber Du hast recht normalerweise ist Schmerz ein Warnsignal des Körpers, dass etwas nicht stimmt und dass man da mal aufpassen sollte oder kucken sollte was gerade passiert.
Was ist Meditation? Meditation ist auch ein sich gewöhnen daran, dass man seine Gedanken nicht so wichtig nimmt, dass man das Gedankenkarussel beruhigt. Unbewusst scheint es so zu sein, dass es Mechanismen in einem gibt, die nicht wollen dass sich die Gedanken beruhigen, die wollen dass man Gedanken für sehr wichtig nimmt. Es können dann die verschiedensten "Phänomene" auftreten, die einem vormachen, dass man sich doch damit beschäftigen müsse und das man eben nicht mehr bein Meditationsobejkt verweilen braucht.
Das können Schmerzen sein, dass können Gefühle sein, die dann in einem Aufsteigen, das können Bilder aus der Vergangenheit sein, die dann ganz wichtig werden, das können tolle "Zustände" sein, in die man meint gelangt zu sein. Der allgemeine Rat ist da immer: egal was in der Meditation auftaucht, es einfach ziehen zu lassen, es nicht zu beachten, und einfach weiterzumachen.
Ich habe das bei mir auch schon beobachtet, ein Kribbeln im Bein, und dann kommen Gedanken wie :" es juckt" oder "es tut Weh" etc und schon fängt eine Gedankenkette um das Bein an:
halte ich das noch aus?
Ich muss mich kratzen!
Soll ich das Bein bewegen?
Wie lange geht denn die Meditation überhaupt noch, kann ich den Schmerz wirklich so lange aushalten?
Wenn ich das Bein bewege, dann bin ich der Einzige der rumzappelt, alle Anderen im Raum können regungslos Sitzen, wie geht das? Warum ich nicht? etc etc etc.
--- und schon habe ich viele Gedanken gehabt, obwohl ich mich ja eigentlich nicht in Gedankenketten verstricken wollte.
Bei mir ist es so, dass regelmäßig nach ca 15 Minuten das Bein einschläft und zu kribblen/schmerzen beginnt, das im burmesischen Sitz vorne liegt. Ich habe dann ausprobiert, was passiert, wenn ich das Bein nicht bewege, und was passiert, wenn ich das Bein bewege...
Wenn ich das Bein nicht bewege, dann fängt es immer mehr zu Schmerzen an, ich bin dann in Gedanken mit den Schmerzen beschäftigt, nach einer Weile kann es dann passieren, dass ich die Schmerzen nicht mehr wahrnehme und das Bein richtig Taub wird. Das Ganze ist aber über eine gute Zeit ein ziehmlicher Kampf in mir, ob ich den Schmerz aushalten kann etc etc.. und in einem Zustand in dem ich ganz beim Meditationsobjekt wäre bin ich so eher nicht, die Beschätftigung mit dem Schmerz drängt zu sehr nach vorne.
Wenn ich meine Beinstellung verändere und das andere Bein nach vorne lege, dann Bewege ich mich kurz und dann ist das Kribbeln sofort weg, oft fängt dann nach weiteren 15 min das neue vordere Bein an zu Kribbeln... Aber die Ablenkung vom Meditationsobjekt ist so viel viel kürzer, sie beschäftigt mich im Geist und in den Gedanken nicht so sehr, nicht so intensiv. Deswegen wähle ich meist, dass Bein zu wechseln. Es ist schon fast eine Methode für mich geworden, um die Zeit die ich sitze, zu messen. 3 mal Beinwechseln, aha 1 Stunde muss vergangen sein.
Ich habe in Retreats die Leute um mich herum gefragt, ob sie meine Bewegungen gestört hätten, Ich habe ja in der 45 min Meditation 2 mal meine Beine gewechselt. Ich habe dann immer als Rückmeldung bekommen, dass ich doch sehr ruhig sitzen würde und mich nicht bewegt hätte, sie hätten nichts bemerkt.
Es hängt wohl auch von den Regeln ab, unter denen du Praktizierst. Wenn Du Zen machst sind die anders als wenn Du Shine ( tibetisch) machst. Und es hängtg von Deinem kulturellem Hintergrund ab. Hier im Westen sitzt man sein ganzes Leben auf Stühlen. Schneidersitz ist der Körper nicht so gewöhnt. Wenn man sein ganzes Leben eh auf dem Boden sitzt, und im Schniedersitz, dann wird man da auch weniger Schmerzen bei bekommen.