Es ist auf jeden Fall einen Versuch wert, den Timer wegzulassen. Man kann ihn ja trotzdem verwenden, aber dann eher als Stoppuhr um zu wissen wie lange man meditiert hat.
Es ist auch die Frage, ob man eine ganz bestimmte Zeitspanne meditieren will, oder ob man einfach irgendwann aufhört und versucht einzuschätzen, wie lange man wohl meditiert hat.
Dadurch, dass man die Zeit abschätzt und danach vergleicht, wird man immer besser in der Abschätzung und man lernt außerdem wie oder wodurch das Zeitempfinden beeinflusst wird.
Für die Meditation an sich bringt es einem vermutlich nichts, aber Schaden tut es ihr wohl auch nicht.