Ich glaube, was den Durchschnitts-Japaner angeht wird der Zen nicht viel anders "leben" als der Durchschnitts-Taiwaner. Wenn sie mit dem Buddhismus in Kontakt kommen dann eher auf volksreligiöser Ebene, bei Beerdigungen, der Ahnenverehrung und so weiter. Das Zen was in den japanischen Klöstern praktiziert wird dürfte aber weitgehend dem entsprechen, was wir hier im Westen vorfinden: Sehr starker Fokus auf die meditative Praxis, eher geringe Bedeutung irgendwelcher Fantastereien über frühere und zukünftige Leben.
Deine Kernfrage - warum sich Zen/Chan in Japan völlig anders entwickelt hat als in den anderen Ländern (falls dem denn so ist) - kann ich freilich nicht beantworten. Aber ich denke hier gibts den einen oder anderen passenden Experten, bin selbst sehr gespannt auf die Antworten.